La Direction assure le pilotage du Secrétariat Général (SG), la Direction des Opérations (DO) et la Direction de la Conception et de l'Innovation (DCI).
L’agence est implantée sur un unique site à la Défense afin d’accomplir ses missions au profit de l’ensemble des abonnés du RRF. Elle est organisée autour d’une direction, d’un secrétariat général, d’une direction des opérations et d’une direction conception et innovation :